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ふるさと納税と医療費控除、両方使うときの注意点は?ワンストップ特例の扱い
ふるさと納税でワンストップ特例を申請した。その後、医療費控除を受けるために確定申告をすることになった。寄付のほうは申請済みだから、何もしなくてよいのでしょうか? この記事では、確定申告をするとワンストップ特例がどうなるか、寄付の申告のしかた、控除上限の目安と手元資金の確認点を整理します。
2026年10月2日時点の制度にもとづく一般的な説明です。税額・申告・登記・法律上の扱いは、個別の事情で変わります。具体的な判断は、税務署・法務局などの公的窓口や、税理士・司法書士・弁護士などの専門家に確かめましょう。
何もしなくてよいわけではありません。確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は無効になり、その年の対象となるふるさと納税も、まとめて確定申告に含める必要があります。無効になるのは特例の申請で、寄附金控除そのものがなくなるわけではありません。所得控除が増えると控除上限の目安が変わる場合もあるため、最新の条件で確かめましょう。
この記事のポイント
- 確定申告するとワンストップ特例は無効
- 対象の寄付も確定申告に含める
- 控除上限と手元資金を確認
目次
確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は無効になる
ワンストップ特例は、条件を満たす場合に、寄付先の自治体へ申請することで、確定申告をしなくてもふるさと納税の控除の手続きができる仕組みです。
ただし、ワンストップ特例を申請したあとで、医療費控除などのために確定申告をすると、特例の申請は無効になります。その年の対象となるふるさと納税も、まとめて確定申告に含めることが必要です。
ワンストップ特例を申請
寄付先の自治体に、特例の申請をします。
医療費控除のために確定申告
医療費控除などを受けるため、確定申告をすることになります。
特例の申請は無効に
確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は無効になります。
寄付も確定申告に含める
その年の対象となるふるさと納税を、まとめて申告に含めます。

特例を申請したから、寄付のほうは何もしなくていいと思っていました。
特例が無効でも、寄附金控除がなくなるわけではない
「特例が無効になる」と聞くと、ふるさと納税の控除そのものが受けられなくなる、と心配になるかもしれません。でも、無効になるのはワンストップ特例の申請です。寄附金控除(条件を満たす寄付をしたときの控除)そのものがなくなるわけではありません。
確定申告をする年は、寄付も確定申告の中で手続きします。医療費控除だけを申告して寄付を含め忘れることがないよう、寄付の証明と医療費の資料を一緒に整理しておきましょう。
よくある思い込み
- 特例が無効になると、寄付の控除もなくなる
- 確定申告には、医療費のことだけ書けばよい
- 特例の申請書を出したので、寄付の手続きは済んでいる
確かめたいこと
- 無効になるのは、特例の申請
- その年の対象の寄付も、確定申告に含める
- 確定申告をする年は、寄付も申告の中で手続きする
無効になるのは「特例の申請」で、寄附金控除ではありません。寄付は、確定申告の中で手続きします。
所得控除が増えると、控除上限の目安が変わる場合も
ふるさと納税の控除には、上限の目安があります。上限は、所得や家族構成、各種の控除などによって変わります。医療費控除などで所得控除が増えると、ふるさと納税の控除上限の目安が変わる場合があります。
前年と同じ年収だから、今年も前年と同じ寄付額でよい、とは限りません。医療費の多かった年や、家族の状況が変わった年は、とくに最新の条件で確かめておきたいところです。

上限の目安は、毎年同じとは限りません。その年の医療費や家族の状況も入れて、最新の条件で確かめましょう。
具体的な上限や申告の判断は、税務署・税理士等へ相談しましょう。医療費控除で計算した控除額が、そのまま手元に戻るわけではない点は、医療費控除の計算例で確かめられます。
寄付額は先に家計から出る。手元資金と資料をまとめて確認
ふるさと納税の寄付額は、控除の手続きより先に、家計から支払うお金です。同じ年に医療費の支払いが重なると、手元のお金が思った以上に減ることもあります。寄付の時期と金額は、手元資金や今後の支払予定と並べて決めましょう。
ふるさと納税と医療費控除を両方使うときのチェック
- その年に寄付した先と金額を、すべて書き出した
- 寄付の証明と医療費の資料を、同じ場所にまとめた
- 確定申告に、その年の対象のふるさと納税も含めた
- 控除上限の目安を、今年の所得や控除で確かめた
- 寄付をしても、手元資金や支払予定に無理がないか確かめた
- 具体的な申告や上限は、税務署・税理士等で確かめた
FP相談では、寄付と医療費の実際の支出を1年間の家計に反映し、支払予定を整理できます。年末調整と確定申告の関係は、年末調整をしていても確定申告が必要な場合で整理しています。
よくある質問
ワンストップ特例を申請したあとに確定申告をすると、どうなりますか?
確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は無効になります。その年の対象となるふるさと納税も、まとめて確定申告に含める必要があります。
ワンストップ特例が無効になると、寄付の控除は受けられませんか?
無効になるのは特例の申請で、寄附金控除そのものがなくなるわけではありません。確定申告をする年は、寄付も申告に含めて手続きします。具体的な申告の内容は、税務署等で確かめましょう。
医療費控除を受けると、ふるさと納税の上限は変わりますか?
医療費控除などで所得控除が増えると、控除上限の目安が変わる場合があります。上限は所得・家族構成・各種の控除などで変わるため、最新の条件で確かめ、具体的な判断は税務署・税理士等へ相談しましょう。
前年と同じ年収なら、前年と同じ寄付額で大丈夫ですか?
そうとは限りません。所得控除が増えた年や、家族構成が変わった年は、控除上限の目安が変わる場合があります。寄付額は先に家計から出るため、手元資金もあわせて確かめましょう。
※ふるさと納税の控除上限は、所得・家族構成・各種の控除などで変わります。この記事では、上限額の計算はしていません。
※ワンストップ特例の申請が無効になっても、寄附金控除そのものがなくなるわけではありません。確定申告をする年は、その年の対象のふるさと納税も申告に含めて手続きします。申告の内容は、税務署等で確かめてください。
※掲載している内容は、2026年10月2日時点の制度・公表資料にもとづく一般的な情報です。制度は改正されることがあります。
※税金・登記・法律などの個別の判断や手続きは、税理士・司法書士・弁護士などの専門家や公的窓口にご確認ください。あいマネのFP相談は、家計や希望、課題を整理する窓口です。
※特定の金融商品をおすすめするものではありません。

