税金・医療費控除
医療費データを取り込めば、確認は不要?連携で入らない費用と二重入力
マイナポータル連携で、医療費のデータを取り込んだ。これで医療費控除の確認は終わり、と考えていませんか? 連携は入力の手間を減らせますが、取り込みが成功したことと、申告内容が正しいことは別です。この記事では、連携で入らない費用、二重入力の防ぎ方、補てん金と書類の保管、送信前に見直したいポイントを整理します。
2026年分所得税を中心に解説。2026年10月4日時点の制度にもとづく一般的な説明です。控除の額や申告の要否は、収入の種類・家族・ほかの控除などで変わります。具体的な判断は、税務署や税理士、お住まいの市区町村に確かめましょう。
医療費データを取り込んでも、確認が要らなくなるわけではありません。マイナポータル連携は入力の手間を減らせますが、すべての対象費用がそろうとは限りません。対象になる市販薬や通院交通費などは自分で追加を確かめ、連携データと領収書で同じ医療費を二重に入力しないことが大切です。補てん金や保管する書類、家族分の範囲も見直し、送信前に合計額を確かめましょう。
この記事のポイント
- 連携で入らない費用もある
- 追加入力の二重計上に注意
- 補てん金・保管書類も確認
目次
連携で医療費データを取り込んでも、確認は必要
マイナポータル連携を使うと、医療費のデータを申告に取り込めるため、入力の手間を減らせます。ただし、連携だけで、すべての対象費用がそろうとは限りません。取り込める対象データや取得できる時期は、サービスや医療機関等によって違います。
取り込みが成功したことと、申告の内容が正しいことは別です。取り込んだ後に、足りない費用や重なっている費用がないかを確かめる必要があります。
連携でできること
- 医療費のデータを取り込める
- 入力の手間を減らせる
- 対象データ・時期はサービスや医療機関等による
自分で確かめること
- 連携で入らない費用の追加
- 領収書との二重入力
- 補てん金・家族分の範囲・合計額

データを取り込めたら、それで申告の準備は終わりだと思っていました。
連携で入らない費用を追加:市販薬や通院交通費
連携で入らない費用の例が、対象になる市販薬や通院交通費などです。これらは、自分で追加が必要かを確かめる費用です。購入したときのレシートや、通院の記録をもとに整理しましょう。
通院交通費のうち、どこまでが対象になるかは、歯の治療や通院交通費の記事で取り上げています。市販薬は、通常の医療費控除とは別の特例を選べる場合もあるため、市販薬の特例の記事もあわせて確かめておきましょう。
追加するのは、連携で入らなかった対象の費用だけです。取り込まれた費用は、もう一度入力しません。
同じ医療費を二重に入力しない。補てん金は別に確認
追加入力で注意したいのが、二重計上です。連携で取り込まれた医療費を、手元の領収書からもう一度入力すると、同じ医療費を二重に数えることになります。領収書を入力する前に、その支払いが連携データに含まれていないかを照合しましょう。
保険金などで補われた金額も、連携データとは別に確かめます。医療費のデータが取り込めても、それだけで補てんされた金額まで整理できたことにはなりません。
連携データを取り込む
取り込めた医療費の一覧を確かめます。
入らない費用を追加
対象の市販薬や通院交通費などを、記録をもとに追加します。
重複を取り除く
領収書の支払いが、連携データと重なっていないか照合します。
補てん金と家族分を見直す
保険金などで補われた金額と、家族分の対象範囲を確かめます。
合計額を確かめて送信
送信の前に、医療費の合計額をもう一度確かめます。

便利な連携ほど、最後の照合が役立ちます。送信の前に、合計額を一度見直しましょう。
明細書を作り、領収書は保管。所定の医療費通知の例外も
医療費控除は、原則として明細書を作って申告します。領収書は、確定申告期限等から5年間保管します。ただし、所定の医療費通知に関しては、領収書の保管の例外があります。どの書類が例外に当たるかは、対象の年分の案内で確かめましょう。
送信前のチェック
- 連携で取り込めた医療費の範囲を確かめた
- 対象の市販薬や通院交通費など、追加する費用を確かめた
- 領収書の入力が、連携データと重なっていない
- 家族分の対象範囲を見直した
- 保険金などで補われた金額を確かめた
- 送信前に、医療費の合計額を確かめた
- 領収書などの保管のしかたを確かめた
連携の画面や手順は、対象の年分によって変わることがあります。古い説明だけを頼りにせず、その年の案内で確かめましょう。FP相談では、申告前の家計の資料を一緒に整理できます。申告の内容や税額の判断は、税務署・税理士に確かめてください。
よくある質問
マイナポータル連携で医療費を取り込めば、ほかに入力するものはありませんか?
連携で取り込んでも、ほかに入力するものがないとは限りません。対象になる市販薬や通院交通費など、連携で入らない費用があり、自分で追加が必要かを確かめます。取り込める対象データや時期は、サービスや医療機関等によって違います。
連携データと領収書の両方を入力してもいいですか?
同じ医療費を、連携データと領収書の両方から入力すると二重計上になります。領収書を入力する前に、その支払いが連携データに含まれていないか照合しましょう。
医療費の領収書は、いつまで保管しますか?
医療費控除は原則として明細書を作り、領収書は確定申告期限等から5年間保管します。所定の医療費通知に関する例外もあるため、対象の年分の案内で確かめましょう。
取り込みが成功すれば、申告内容も正しいと考えていいですか?
取り込みの成功と、申告内容が正しいことは別です。家族分の対象範囲、追加した費用、保険金などの補てん金を見直し、送信前に合計額を確かめましょう。
※取り込める対象データや取得時期は、サービスや医療機関等によって異なります。所定の医療費通知等には、領収書の保管の例外があります。
※この記事では、連携の実際の画面は示していません。画面や手順は、対象の年分の案内で確かめてください。
※掲載している内容は、2026年10月4日時点の制度・公表資料にもとづく一般的な情報です。確定申告は2026年分の所得税(原則2027年に申告)、ふるさと納税は2026年の寄附(原則2027年度の住民税)を中心に説明しています。制度は改正されることがあります。
※税額の計算や申告の判断など、個別の税務相談は税務署や税理士にご確認ください。あいマネのFP相談は、家計や資料、希望を整理する窓口です。
※特定の金融商品や、ふるさと納税の寄附先・返礼品・仲介サイトをおすすめするものではありません。
